我国实行大豆振兴计划以来，无论是大豆种植面积还是优质品种开发，黑龙江省大豆产业发展一直走在全国前列。但与美国及其它大豆主产国相比，黑龙江大豆产业还存在以下问题：

首先是农业补贴覆盖面较窄。自2002年以来实施的大豆振兴计划，仅限于部分县市，而且补贴面积有限。2003年黑龙江省实施国家高油大豆计划的面积1600万亩，仅占全省大豆种植面积的34.8%，没有享受到补贴的县市和豆农意见较大。有些市县豆农即使得不到补贴指标，也自己花钱购买良种。他们对种植良种大豆的好处已经深有体会，盼望政府扩大良种补贴覆盖面。

第二，大豆增产增效效果明显的大型机械机耕服务补贴还没有开展起来。据豆农反映，大型农机具马力大、机械精度高，翻、耙、起一次作业，可减少作业次数，缩短作业时间，降低油耗和人工成本，提高单产，从而提高生产效率和效益。不过，大型农机具需要投资比较大，光靠豆农单家独户很难承担这个费用。像这种能够显著降低成本、明显提高黑龙江大豆竞争力又为农民所盼的补贴支持应该尽快建立起来。

第三，黑龙江有些市县政府补贴资金发放滞后，加重了供种企业的负担。由于统一供种，黑龙江省采取由企业预先垫付补贴资金的办法，将补贴后的大豆良种先供应给农民，等种子售完后才能从财政部门拿到预垫款。据供种企业反映，这种做法调动了豆农种植大豆的积极性，使豆农受益，但企业却多承担了接近一年的贷款利息。这在一定程度上抑制了企业参与良种推广的积极性。