由于牧草生长特性复杂，花序形态各异，许多牧草结实种子排列不成穗状，在植株上的位置很分散，而且同一植株上种子成熟期又不同，这样就必须采用特殊的收获方法。
1　直接收获法
　　在牧草种子成熟后直接用联合收割机收获种子，适应于种子较大、或生殖枝高而整齐的禾本科牧草，如燕麦、新麦草等。在豆科牧草中，适用于株型直立并且经干燥剂处理的种类，如红三叶、紫花苜蓿等牧草。豆科牧草种子成熟时，植株还未停止生长，茎叶处于青绿状态，给种子收获带来很大困难。因此，在种子收获之前要进行干燥处理，常用飞机或地面喷雾器对田间生长的植株施化学干燥剂，在喷后3～5天，直接用联合收割机进行收割。干燥剂为一些接触性除莠剂，如敌草快，用量为1～2kg/hm2，敌草隆用量为3～4L/hm2，利谷隆用量为3.2kg/hm2。对于收获季节多雨地区采用联合收割机直接收获将是最佳选择。
2　采集收获法
　　针对禾本科牧草，通过专用的牧草种子采集收获机，无需刈割牧草而直接收获种子。在不切割牧草的情况下，用采集器将种子从穗上直接脱粒，以风或输送带等形式将种子集中在特定的容器内。主要适合穗头高低整齐、种子主要生长在植株顶部、种子成熟期不一致而且落粒性强的禾本科牧草。

3　分段收获法
　　大部分多年生牧草由于种子成熟期不一致、生殖枝非直立性生长以及脱粒前要求干燥等因素影响，利用联合收割机直接收获或采集收获均难以获得较高的种子产量和质量，可以采用分段收获的方法。分段收获方法不适应雨季作业。
　　分段收获的具体操作过程是先将牧草割倒，放在田间晾晒一段时间，然后捡拾脱粒进行种子收获。牧草刈割使用割晒机或割草机，田间晾晒时间的长短根据种子生产地区气候条件来确定。
4　落地收获法
　　落地收获法主要是针对一些豆科牧草种子在植株上分散不成穗状、成熟期不一致且容易落粒的特点而采取的特殊方法。该方法是等种子成熟落地后，用一些专用气吸式设备将在地表的种子拾起而收获。目前，在部分豆科牧草地三叶、柱花草等种子收获过程中应用具有良好效果，但这种方法需要将种植土壤平整压实。
　　矮柱花草、圭亚那柱花草和大翼豆种子的落粒性非常强，常常随成熟落地，加之种子的成熟期不一致，用收割机收割的植株地上部分持留种子量仅占总产量的1/3～1/2，给种子生产带来巨大困难。目前国内外常采取收割后将带种子的牧草堆积于原地，等种子完全脱落后再用吸种机将散落于地面上的种子吸起或用人工扫起。