现代化圈养牧场遭遇的第一个非现代化的超级问题，就是排泄物的处理问题。万头牧场一年能够产生超过50万吨排泄物，这相当于1.2万节火车车厢的载重量。在现有技术条件下，沼气工厂并不能完全消化排泄物带来的环境污染。发电之后剩下的沼液依旧是污染物，仍需专门设备进行集中密封深埋处理，成本十分昂贵。仅废水一项，即使牧场前期投入巨资建有污水处理设备，每吨污水后期处理成本亦高达1元。

所有规模化牧场都无例外地会遇到牛粪困境，而这种困境只不过是我国乳业行业困境的冰山一角。正是这些困境，才使得我国乳品质量安全环境变得极为脆弱。
从激素奶到氧化氯保鲜奶，从黄曲霉素到三聚氰胺……我国乳品市场多次重大的质量安全事件均起源于奶源。只有抓好奶源这个源头，乳品质量安全局面才能得到根本扭转，这也成为业内的共识。然而，知易行难，源头的问题，远比想像的难抓。我们知道，我国目前的奶源现状主要以散养农户和奶站的模式为主，而散养农户的养牛经验匮乏、环境恶劣，加之奶站收奶环节在前端市场销售的驱动下重量不重质，没有做到有效的原奶质量检测，这种奶站+农户的模式，始终隐藏着各种食品安全隐患。面对这种明明存有严重安全漏洞的奶源获取模式，行业和企业却显得束手无策。

尽管现在业内一致认为淘汰现有落后的散户奶源模式是大势所趋，取而代之的必将是集约化和规模化的奶源生产供应，但现代化的奶源生产到底应是什么样的模式，至今仍无确切答案，而乳企们的探索也遇到不少问题。伊利的奶联社模式牧场、光明的生态示范牧场、三元的畜牧场型奶牛基地，以及蒙牛即将投建的更大规模的集约化牧场，这些自建牧场都是企业试图保证奶源供应和奶源安全的双保险之举，但颇为尴尬的是，保险本身却遭更多风险威胁。乳品全产业链非常难做，奶源建设投入大利润小，这是业内共识。一般认为，奶牛养殖、产品加工、流通等环节的成本投入占比为75%、15%、10%，但利润分配是10%、35%、55%。很明显，在这条链条上，3个环节的成本与利润是成反比的，尤其是在养殖环节，反差巨大。不仅如此，国内的牧场经营管理也没有现成的成功经验可以复制，所涉土地、资金、技术、管理、人才等一应领域及问题都处于探索阶段。与牛粪困境相似，饲料困境、管理困境、传染病困境等各种困境都可能将本就非常脆弱的保险一点点拆解。自建牧场的风险不言而喻，尤其是巨型牧场，前途未卜。

在自建牧场模式之外，也有企业（以雀巢为代表）一直在推行一种轻资产模式，即推动零散奶户集中化养殖，但企业不作为牧场的直接所有者，而是以技术及管理提供者的身份出现。尽管这种模式比自建牧场要保守因而也可规避一些投资风险，但由于乳企与奶农之间在“合作”关系之外更多还是利益关系，奶农在产业链上的弱势地位并未改变，特别是企业并没有对奶源在数量和质量安全上进行控制，这就容易导致企业压价、垄断奶源等问题，而质量安全隐患因此仍无法根除。